John Scott (Mark Valley) jest Agentem FBI, partnerem Olivii. W pierwszym odcinku zostaje wysłany do rozwiązania tajemniczej zagadki lotu 627. Partnerzy idąc tropem sprawy natrafili na magazyny, w których znajdowały się toksyczne substancje. Gdy John gonił podejrzanego, wszystkie chemikalia wybuchły. Zmieszały się i zatruły go. Zrozpaczona Olivia, chcąc uratować swojego ukochanego szuka lekarstwa. Wciąga do pomocy szalonego naukowca Waltera i jego syna Petera. Żeby stworzyć antidotum potrzebna jest lista specyfików, które znajdowały się w tamtych "laboratoriach". Najpierw trzeba znaleźć właściciela owych magazynów(czyt podejrzanego), więc Dunham poddaje się tajemniczemu zabiegowi polegającemu na synchronizacji swoich fal mózgowych ze Scottem. Po to, aby wydobyć obraz człowieka odpowiedzialnego za eksplozje. Olivii udało się znaleźć złoczyńce i wydobyć listę substancji. John zdrowieje. Morduje z premedytacja Richarda Steiga i ucieka. Zostaje zabity  przez swoją ukochaną. W chwili śmierci pracował pod przykrywką dla NSA. Ciało przewieziono do Massive Dynamics, gdzie pojechało na przesłuchanie zlecone przez Ninę Sharp. Po pierwszym odcinku John Scott pojawia się głownie w myślach Olivii jest to skutek uboczny synchronizacji fal mózgowych.